En tiempos del segundo arzobispo de Lima, Santo Toribio Alfonso Mogrovejo, se erigieron dos parroquias. La primera, San Lázaro en el barrio del Rímac y la otra parroquia fue la de San Marcelo que, aunque existía como capilla desde 1551, fue erigida como parroquia en 1584.

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Constaba de tres naves, presidiéndolas un excelente retablo dedicado a la Virgen de los Remedios.

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Encargó Bartolomé Lorenzo los retablos a los mejores ensambladores de la ciudad. A Martín Alonso de Mesa le encomendó el retablo para el altar mayor por dos conciertos notariales: el 19 de abril de 1616 concertó con él la hechura del primer cuerpo; y el 12 de diciembre de 1617 concertó la terminación del retablo. Hizo también labrar para su propio entierro un retablo-sepulcro, encargado a Luis Ortiz de Vargas, uno de los postores a la sillería del coro de La Catedral, por conciertos de 19 de octubre de 1619 y de 14 de octubre de 1620.

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Aquella iglesia de San Marcelo perduró hasta el terremoto de 1687, que arruinó las bellas techumbres mudéjares.

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Como en tantas otras iglesias limeñas, también en la de San Marcelo se sustituyeron los alfarjes mudéjares por las bóvedas de medio cañón corrido.

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Volvió de nuevo a sufrir destrozos en el terremoto de 1746: y fue después de esta fecha cuando se emprendió la reconstrucción más completa del interior, de los retablos, de la portada y de las torres.

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 Al final de todas estas reconstrucciones quedó la iglesia de San Marcelo transformada en barroca, del último periodo sin rastro alguno de su anterior prestancia mudéjar o barroca inicial.

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Su actual fachada es moderna. En su interior guarda un bellísimo retablo dedicado a la Virgen de los Remedios quien acoge a los peregrinos, sus hijos desde el retablo mayor.

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El coro, el baptisterio, la sacristía, todo derrocha espacio y sencillez, calidez y elegancia. Predomina entre sus cuadros la figura de San Francisco Javier, el santo misionero.

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Según los documentos históricos peruanos, se sabe, que existió un tiempo en que parte de esta iglesia fue utilizada como sede  de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, así como también del Monasterio de la Trinidad  de las religiosas Bernardas.