En 1635 Sebastián Alonso inició el culto de Nuestra Señora de Cocharcas de Lima. En 1680 adquirió tres solares para fundar un recogimiento para niñas indígenas huérfanas y levantar una ermita dedicada a la Virgen de Cocharcas. En 1681 el virrey Melchor de Navarra y Rocafull despachó licencia para construir una capilla de la Santísima Virgen María con advocación de Cocharcas. En 1685 el Arzobispo de Lima Melchor de Liñán y Cisneros ordenó colocar la imagen de la Virgen de Cocharcas en el santuario, iniciando así su culto.

 

El actual templo que presenta la iglesia llama la atención por su bella fachada de estilo barroco, que data del siglo XVIII. Presenta dos torres gemelas que se levantan sobre una estructura delgada que se encuentra franqueada por pilastras. Sobre estas torres es posible hallar una plataforma que se ve rodeada por balconadas sobre las que se registran dos bellos campanarios.

 

La última modificación del templo se dio en el año 1994, al entonces templo de planta de cruz latina se le agregó una nave a la diestra, además de una bóveda de cañón y una cúpula sobre el crucero. Interiormente presenta dos coros (alto y bajo), además de decoraciones de estilo neoclásico.

 

La imagen de la Virgen de Cocharcas es una pieza de arte religioso que fuera hecha en el siglo XVII; otras piezas artísticas que se encuentran en el establecimiento son el altar del Inmaculado Corazón de María, que fuera construido en el siglo XIX y el Sagrado Corazón de Jesús. También forman parte del patrimonio artístico de la iglesia el Jesús Nazareno del siglo XVIII, el San José del siglo XIX y una pila de agua bendita que data del siglo XVIII, y que presenta la forma de una concha.

 

En la epístola del templo también es posible reconocer otras piezas de arte que llaman mucho la atención por su bello diseño y acabado, como el lienzo del Señor de la Agonía de Limpias, que sale en procesión durante la Semana Sana; y el altar de San Antonio María Claret.